Evet kaldırıp tekrar kurmanız mümkün
konsolda root olup synaptic'i kaldırabilisiniz
--purge seçeneği bir paketin yapılandırma (ayar dosyaları ile) kaldırılmasını sağlar
sudo apt-get remove --purge synaptic
sudo apt-get install synaptic
Synaptic'e alternatif olarak smart package manager kullanabilirsiniz
fakat ne derece kullanışlı olur bilemiyorum
http://labix.org/smartsudo apt-get install smartpm